工厂化栽培食用菌会产生大量的废菌棒，这些废菌棒可以再回收利用。
第一种方法：就是直接使用这些废菌棒进行再次栽培，生长出第二茬甚至第三茬的蘑菇，也可以叫做二次出菇。
第二种方法：就是将废菌棒处理后栽培其它食用菌，把废菌棒打碎，在菌棒中掺加其它栽培料，生产其它品种的食用菌。废弃菌棒被重新利用，有效地减少了菇农的生产成本，使得生产者能从中获得最直接的经济效益.
袋料废菌棒栽培平菇：
袋料废菌棒(筒)，包括香菇、毛木耳、黑木耳、银耳、金针菇等食用菌的袋料栽培，收过２～３潮菇(耳)后，基本不再发生子实体的菌袋，尚存供平菇生长所需的一定养分，只要稍加处理，并添加少量新鲜培养料，仍可栽培平菇，并获得生物效率60%～80%的平菇产量。
废菌棒的处理：选择没有污染的菌袋，脱去塑料袋，在日光下平铺曝晒４～５天，用石磙碾碎备用。
培养料配方：用碾碎废菌棒74千克，棉籽壳15千克，米糠5千克，石灰3千克，石膏粉1千克，过磷酸钙1.5千克，尿素0.5千克，多菌灵克，加水～千克。按常规法，进行常压灭菌或发酵料栽培、管理，至收菇。
废菌棒用途其它利用方法：
目前废菌棒用来比较普遍的有以下几个方面。
一、用菌棒喂动物：喂动物用时要根据各种动物品种的不同，幼年与成年的不同加入木糠量的多少也不同，常规用量是在饲料中加入为牛、羊30—40%，鸡、猪10—20%。由于家畜食用菌棒后不但不影响生长，猪食后反而由于菌棒纤维素的含量偏高，有增强消化系统功能的作用，减少脂肪增长，提高瘦肉率。
二、菇稻轮作栽培技术
5月底或6月上旬，香菇采收结束后，先免耕浅水削整平畦面，然后将35%左右的香菇废料还田，均匀覆盖畦面，再清沟将细泥撒施封住废菌料，缓灌畦面3cm水层栽稻。
香菇废料还田作基肥，水稻摆栽后5~7d，让其自然落干，亩施尿素5~7kg，氯化钾8~10kg，于晴天傍晚均匀撒施畦面，次日缓灌畦薄层水，并用卢博士1号有机液肥倍进行叶面喷施，促分蘖，长壮杆，增加有效穗；于拨节孕穗期喷施倍卢博士2号有机液肥，减轻病虫害，促使青杆*熟，增粒增粒重。
1、香菇水稻轮作的增产效应和机理
香菇水稻轮作能互补、互促作用。根据菇稻生育特性，合理利用天然降雨温光资源及生态效应，优化环境条件，充分利用其增产效应和机理，解决季节性抛荒，提高土地利用率，生产绿色菇稻农产品，提高精品农业和效益农业，2年，新建镇笕川示范区1万袋香菇（约占水田面积1亩），总产值万元，菇收后水稻亩收稻谷kg，谷总产值83.73万元，二项共年亩总产值.7万元，菇稻轮作比对照，年亩增收节支元，总增收.72万元。
2、香菇减轻病虫害
香菇采收结束后，菇田摆栽水稻，使香菇好气性杂菌，被水长时间淹没缺氧而死亡。同时，旱地上的白蚁、蚂蚁、蚯蚓、蜗牛、蛞蝓、线虫、螨类、菇蝇等，经夏天炎热高温和田间淹水及稻田上的天敌（蜘蛛、青蛙、蜻蜓），不但消灭香菇上的害虫，而且天敌也在消灭害虫，明显减轻病虫危害和用药防治次数，水稻栽培有利次年香菇生产。
3、增强抗性，水稻纹枯病明显减轻
香菇田免耕垄畦摆栽水稻，土壤氧化势较高，通气性好，营养丰富，有机质含量较高，香菇田的“垄畦增产效应”明显，促使水稻生长健壮，根系发达，早生快发，低节位分蘖，个体间有一定角度，有利于通风透光，纹枯病明减轻，减少农药防治次数，香菇栽培有利于水稻生长。
4、提高废品再利用，减轻污染，省肥省本明显
往年香菇采收结束，菇农将香菇废料丢弃在田头地角及菇棚周围，不仅浪费，而且造成环境污染，还增加香菇杂菌及害虫的残留量，严重影响香菇生产的发展，菇农体会到多年连作香菇的恶果：“头年笑，次年哭,三年无菇收”。近年来实行菇稻轮作，在香菇采摘结束后把30~40%的香菇废菌料（约~kg）作基施，养分丰富，水稻摆栽后5—7d，亩施追肥尿素5kg，即可使水稻健壮生长青杆*熟，比对照亩省氮素10kg，磷肥20kg，钾肥9kg，计省化肥本51.78元。
5、省水节能明显
菇稻轮作，香菇田免栽垄畦摆栽稻，应用废菌料还田不仅培肥地力，同时既能保水，又能爽水，采用垄畦栽培技术的“垄畦沟灌”，以水调肥（以水带氮）、以水调气（水气协调）、以水调温、以水除害（消除香菇田残留的病虫害及稻田杂草），使水稻根系发达，植株健壮，提高抗旱力。据测定，其亩用水.5m3，比对照非香菇田翻耕平作移栽稻省水.2m3，省水46.78%。省水抗旱、省水节能（柴油或耗电量）效果明显，减缓了农工争水矛盾。
三、添加食用菌的配方（1）种香菇：干菌棒30%，木屑50%，麦麸17%，石膏粉2%。糖1%，（2）种蘑菇：干菌棒20%，稻草68%，复合肥10%，石灰2%。（3）种平菇：干菌棒25%，棉籽壳71%，石灰2%，石膏粉2%。
四、栽培旱地作物：在香菇的收获结束期刚好是栽培西瓜、玉米、番莳、蔬菜等旱地作物的种植期，用废菌筒作底肥它含氮、磷、钾全面，是一种非常好的农作物肥料，而且经覆盖泥土栽培后原有香菇的杂菌也被消灭。
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