一、食用菌废料重复利用
栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品种的废料，只要菌丝生长较好，培养料未被杂菌污染，则可将其晒干整碎后添加30%到新原料中栽培鸡腿菇，其效益相当可观。此法既可降低生产成本，也可进一步提高原料的利用率。
二、菌糠在制种上的应用
菌糠用于双孢菇菌种的生产，可提高菌种质量，节约成本。研究表明：菌糠是代替一部分麦粒制作双孢菇菌种的好原料。
三、家畜家禽饲料
平菇、香菇、金针菇等木腐类真菌，种菇后废料中含有较丰富的氨基酸，并且Fe、Ca、Zn、Mg等微量元素含量也很丰富，加之菌渣特有的蘑菇香味，使之具有较好的适口性。因此菌渣可作饲料使用。
四、食用菌废料作肥料
对发霉的菌渣，不宜作二次栽培料和动物饲料，多用作农家肥料。食用菌废料施在蔬菜上，可使蔬菜的抗旱力明显增强，植株生长旺盛，外观品质好。在花卉种植中，把种菇后废料与肥土混和后堆积自然发酵，用作花卉苗圃、花盆的养花基肥，可改善土壤结构，提高通气性及持水保水能力，使长出的花草枝繁叶茂，花量大，花色艳丽，并且成本极低。
五、食用菌废料作燃料
由于香菇栽培大多用木屑做培养料，因此食用菌废料做燃料以晒干的香菇菌筒的效果最好。包括用作灭菌燃料、生产沼气、用作菇棚加温燃料等。
将出菇后的废菌筒晒干收藏。菌种生产和熟料栽培时，可用作灭菌燃料。既节约能源，又节省生产投资，同时也解决了废料造成的环境污染问题。
六、蔬菜育苗时代替覆土
在蔬菜育苗时，用热蒸汽等物理方法处理菌渣后作覆土材料，覆盖在种子上，可有效降低或消除根腐、猝倒等病害。
七、提取激素和农药
将平菇下脚料中的激素和抗菌素成份提取出来，可制成增产素和抗菌素。
八、食用菌废料饲养昆虫
食用菌废料集中堆沤，适当增加湿度，可饲养大量的蛴螬等昆虫，用这些昆虫作饲料喂鲶鱼等鱼类及肉鸡等，可节约大量的饲料投资，降低成体；同时，饲养的鱼及肉鸡等个大体肥，营养价值较高。
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