不同品种的菌类蘑菇具有不同的生长特征，例如平菇：菌丝洁白、浓密、粗壮、整齐、气生菌丝发达，多的可布满试管空间，多不产生色素，爬壁能力强。接种块周围无菌丝稀疏区菌丝生长速度快，适温20~22℃经6~8天即可长满试管斜面，低温保存能产生珊瑚状子实体原基；耐高温，短时间在34℃下正常生长；有些菌株气生菌丝过多，形成很厚的菌被将管壁包满，很容易在肿块或管壁上形成原基，就是老化或多次转管的菌种，不宜使用；有些菌株在高于28℃的温度下培养或培养时间过长，气生菌丝顶端往往会产生橘红色分泌物，这虽不影响使用，但已不宜作为种源扩大培养；气生菌丝过多的母种也不宜扩大培养。
双孢菇：菌丝纤细、稀疏、灰白，优良菌丝上下均匀，没有生长很快的扇形变异，一般22~24℃条件下15天以上才能长满斜面、超过28℃菌丝生长受抑制而发*，若菌丝倒伏、发*或形成*白色菌被者，不能用于生产。以气生菌丝生长整齐、清晰、挺拔有力，基质菌丝多者为好。气生型孢子分离7~9天后，出现星芒状菌落。
气生菌丝生长旺盛、白色或灰白色，尖端清晰整齐、挺拔有力，密度均匀，基内菌丝较发达，一般15~25天长满试管斜面。半气生型、匍匐型菌丝紧贴培养基斜面，表面呈索状生长，挺拔有力，但生长缓慢，排列稀疏、清晰，常呈扇形生长日后多出现细细的菌索，菌丝纤细、微*，气生菌丝很少，不易形成“菌被”,在适宜的培养基和环境条件下一般22~26天长满斜面。
香菇：菌丝洁白、浓密、粗壮而略显绒状、整齐有力，呈健康态势发展；一次转接生产的菌种，各个试管的菌丝表现均匀一致，没有大的差别；气生菌丝明显；接种块周围稍有菌丝稀疏现象，但无明显“秃菌丝区”;常温培养的母种，因昼夜温差而导致菌丝表面呈小波浪状发展态势，但不会出现“无菌丝带”。拔开棉塞，即可闻到明显的香菇特有的菌香味，而无其它如酸、臭、腐等异味；4℃条件长时间保存时，会有小菇蕾发生。
符合以上表现的菌种，基本可以认定为合格(生物特性等除外),可以放心使用。如试管内有除香菇以外任何颜色的菌丝或斑块、菌丝稀疏、长速过慢等特征，或者同一批菌种生长快慢不一、极不均匀，或者试管内有明显的异味等，均为不合格菌种，引种时不要购买，生产者应予以及时淘汰，不可用于生产。
金针菇：菌丝白色或浅灰白色，细绒毛状，初期较蓬松，后期气生菌丝紧贴培养基表面，有爬壁现象。菌丝生长速度较快，*色品种在适温20~22℃10~12天长满斜面，白色品种稍慢。*色品种常在培养后期出现*褐色色素，使菌丝不再洁白，老化时表面出现淡污褐色斑块；白色品种则不如此。时间较长的菌种分泌色素；低温贮存时有细水珠出现，斜面上形成少量子实体。如菌丝由白色变为灰白或略带*色，在管壁出现许多粉状物(即粉孢子)说明菌种开始老化；粉孢子多的菌株，品质一般不理想。
草菇：菌丝生长初期纤细、无色透明，多分枝的丝状体，似蚕丝，有金属光泽，后期呈淡白色、银灰色，老是灰*色。菌丝生长速度快，在30~32℃条件下，5~6天即可长满斜面，再培养2~3天开始出现厚垣孢子，呈链状，初为灰白色、淡*色，后渐变成褐色至锈红色(20多天),最后培养基表面出现紫红色。气生菌丝茂盛而且爬壁能力强，在试管内生长蓬乱，每根菌丝清晰可见，布满整个试管空间，不易变*，斜面上不产生子实体；菌丝变为淡*褐色，是老化的表现。厚垣孢子出现过早过多，是种性开始老化的表现。若菌丝密集，颜色洁白，可怀疑混有杂菌。
鸡腿菇：菌丝浅灰白色，浓密，棉絮状，生长旺盛，边缘整齐、有力基内菌丝分泌色素，使斜面培养基颜色加深，部分呈黑褐色。菌丝生长速度较快，适温25℃、10天左右菌丝即可长满试管斜面。菌丝随培养时间延长而变灰色，是鉴别鸡腿菇菌龄的重要特征。猴头菇：菌丝生长不均匀，白色至灰白色、微*色，线绒状，短而稀疏，紧贴在培养基表面，不爬壁，气生菌丝粗、短、少，基内菌丝多；常不规则地形成索状物，并在其上形成小子实体原基，外观上似小疙瘩，较老的菌丝形成节孢子，后期会分泌棕褐色色素，使斜面培养基呈茶色，颜色过深的基内菌丝活力下降，不宜使用。
多次转管后生活力明显下降，当菌丝呈线粒状时，很难继续生长；转接后菌丝恢复慢，萌发后菌丝呈线绒状，向四周作放射状延伸；在PDA综合培养基上，黑暗恒温25℃下培养，14~20天长满斜面在酸性培养基上生长快、旺盛；若使用有麦芽糖的猴头菇专用培养基，菌丝生长会大大改善，菌丝长速大大加快且浓密洁白，不再形成菌索和原基。
阿魏菇、白灵菇、杏鲍菇：该类品种的不同品种、不同菌株之间差异显著，有的品种菌致密、微*，生长缓慢，在PDA综合培养基上要3周左右长满面；有的品种菌落舒展、洁白，菌丝也较稀疏，生长较快，2周即可长满斜面。真姬菇：菌丝浓密洁白，气生菌丝旺盛，表面是绒毛状，生长不甚均匀，在加入有两种以上碳源的培养基上生长较好。在马铃薯酵母粉综合培养基上，黑暗恒温24℃下培养，14~17天长满斜面不同品种间长速有差异。
柳松菇：菌丝暗*色，浓密，绒毛或绒毡状，生长整齐度好，在PDA综合培养基上长速较慢，气生菌丝较少，毫升培养基中加入适量木屑滤液并添加蛋白胨成分是，长速明显加快，但绒毡状菌丝则显得略薄，气生菌丝增加，一般要20天左右完成发菌。木耳、毛木耳：菌丝白色，产生黑色色素，明显匍匐生长，边缘不齐，普通PDA综合培养基培养时，菌丝显得不旺盛，基本无气生菌丝产生。
杨树菇、茶新菇：菌丝较纤细，但长势有力，初白色，气生菌丝较少，平铺于培养基表面生长，边缘整齐，菌落薄厚一般。培养后期分泌深褐色色素到培养基中，并扩散到菌落表面，常在表面形成黑色稍有纤维化的斑块。在PDA综合培养基上，黑暗恒温25℃下，培养2周左右长满斜面。灵芝：菌丝纤细、平坦、致密、洁白、均匀、整齐，匍匐生长，几乎不见气生菌丝，随着菌丝的生长，菌落的扩展，近接种块处的菌丝逐渐老化形成坚韧的菌皮，并随菌皮的老化，色泽逐渐为淡*色，不分泌色素，易形成有菌管的子实体原基。在PDA综合培养基上，28~30℃黑暗培养，8~11天长满斜面。